光阴荏苒，新年到了，黄生要回家过年了。在家里，二月的一天，他忽然梦到绛雪来到他身边，惆怅地说：“我又大难临头了。你如果能急速前来，我们还能想见；迟了就见不到了。”黄醒后十分惊异，急忙命家人备马，星夜赶往下清宫。原来道士将建造房屋，有一棵耐冬树，妨碍建房，工匠们正准备砍伐它。黄生急忙上前阻止，耐冬树总算保存下来。
这天夜里，绛雪来到房中向黄生道谢。黄生笑着说：“以前你不把实情告诉我，才遭此横祸。今天我已知道了你的真实身份，如果你不来我这儿，我就用拿着火绳烤你了。”绛雪说：“我知道你会这样做的，所以才不敢把实情告诉你。”二人相对坐了一会，黄生说：“今日而对良友，更加思念艳妻。好久没有哭香玉了，你能和我一块去哭她一场吗？”绛雪答应，二人一同来到牡丹穴处，洒泪凭吊。直到黎明，绛雪收泪，劝黄生回去。
又过了几天，黄生正房中独坐，绛雪喜笑颜开地从外面进来，说道：“报告给你一个好消息：花神深为你的至情所感动，让香玉再回下清宫了。”黄生忙问：“什么时候？”绛雪答道：“不知道，大约为期不远了。”
接下来，两天没有见到绛雪的面。黄生抱着耐冬树，摇动抚摩，连声呼唤绛雪的名字，但一点回声也没有。黄生无奈，回到屋里，拿起一条用艾拧成的火绳，对灯点上，就转身出去想去烧烤耐冬树。绛雪急速闯来，伸手夺过艾绳，说道：“恶作剧，让我受痛，我与你断交了！”黄生连忙陪笑致歉。这时，只见香玉步态盈盈地走了进来。黄生一见，涕泪交加，急忙上前握住香玉的手。香玉用另一支手握住绛雪，相对悲哽。
等坐下来，黄生握住香玉的手好象什么也没有抓住，象是自己攥起手一样，不由得惊问：“这是怎么了？”香玉泫然回答：“以前我是花神，是有实体的；如今，我为花鬼，形体已散了。今天虽然相聚，你只当做是梦中相会吧。”绛雪说道：“妹妹，你来了可太好了。我被你这一口子纠缠死了。”于飘然而去。
香玉和黄生相对而坐。香玉款笑如前，但依偎之间，总感到好象是以身就影，黄生悒悒不乐。香玉更是前俯后仰地悲叹。香玉说：“崂山上有一种白蔹草，你挖 来晒干碾碎，再稍掺些硫磺，浸泡水中，每天到我的穴处浇洒一次，明天此日我一定会报答你的恩情的。”说罢就走了。
自此，黄生按香玉说的去做了。不久，泥土中很快萌生出一丛牡丹来。黄生于是更加爱护，又在花棵周围作了栏杆加以保护。香玉来到黄生屋里，感激倍至。黄生告诉她要将牡丹移到家里去，香玉拒绝了，她说：“我体质虚弱，经不起司 伐之苦。况且万物生长各有一定的地方，我本不是生在你家，如果硬要违犯，反而遭不幸。只要你我真诚相爱，相聚的日子不会太久了。”
说话间，黄生又埋怨绛雪不来。香玉说“如果你一定要她来，我能办到。”于是她和黄生挑打到树下，香玉折了一根草茎作尺码，自下而上丈量到四尺六寸的地方，按在那里，让黄生用两手搔挠。不一会，绛雪就从背后出来了，笑骂说：“你们两个太不够朋友了。”香玉说：姐姐不要责怪，我这郎君太寂寞了，你就暂时陪陪他吧，一年后就不会烦扰你了。”绛雪只好答应。
在黄生的精心护理下，那棵牡丹一天天繁茂起来，春末牡丹已长到二尺多高。他回洛阳时，把金银留给道士，嘱咐他精心培养。第二年四月到下清宫，花一朵含苞还未放，不久，花就开了，花大如盘。黄俯身细细观察，花蕊之中俨然有一个小小的美人，才三四指大小，转眼之间，飘然欲下，原来就是他朝思暮想的香玉。香玉笑道：“我忍受着阴风苦雨等待着你，你怎么到今天才来啊？”说完，裙袖飘扬，已站在黄生面前。二人惊喜交加，诉说衷肠。忽然背后传来绛雪的声音：“你们今日团聚，我这个朋友，总算尽到责任。”三人一同谈笑，到很晚，绛雪才离去。
从此，黄生和香玉相亲相爱，生活得非常幸福。有一次，黄生指着那株牡丹说：“等我死后，我一定变做一棵花木，寄魂于此。”香玉和绛雪说：“希望你不要忘了你的话。”
后十多年，黄生忽然病倒。他的亲人闻讯而来，非常悲哀。黄生笑说：“这不我的死期，而是我的生期，有什么可悲的呢？”又对道士说：“他日若见牡丹下有赤色的花芽生出来，又是一放五叶的，那就是我。”说罢，再不起不来了，黄生离开了人间。
第二年，果然牡丹花下有花芽生出，而且叶子恰好是五个。道士非常惊异，更加用心浇灌它。三年后，高达几尺，花翠挺秀，但始终不见开花。老道士死后，他的子弟不知爱惜，又见它始终不开花，于是把它砍掉了。没想到，那株白牡丹很快就枯萎而死，那株耐冬树木也相继死去了。
